Sclérotiniose : maladie très grave entraînant le dessèchement de plantes isolées dans la culture. Présence à la base de la tige d'un mycélium blanchâtre donnant naissance à des sclérotes : amas noirs, bien visibles à la sortie de l'hiver.
Aucun traitement curatif : utiliser des variétés plus résistantes ; éviter le semis d'automne ; effectuer un bon labour avant semis ; ne pas réimplanter de trèfle avant 5 ou 6 ans.

Rhizoctone : l'ensemble de la plante se dessèche ; les racines deviennent plus ou moins violacées.
Cette maladie sévit surtout sur cultures âgées ou revenant trop rapidement dans l'assolement.
Aucun traitement curatif : retourner la culture et ne pas ressemer de trèfle violet avant 5 ou 6 ans ; utiliser des variétés résistantes.

Anthracnose : à la base des tiges, sur plantes isolées, taches brun-noir allongées dont le centre devient gris. La lésion s'élargit et provoque le dessèchement général des feuilles. Cette maladie se manifeste surtout au printemps. Aucun traitement curatif : choisir des variétés résistantes.

Pseudopeziza : maladie des ponctuations brunes. Nombreuses petites taches rondes, de même taille, brunes, à la surface des feuilles. Maladie fréquente par temps humide. Aucun traitement curatif.

Oïdium : léger duvet blanc grisâtre couvrant la face supérieure des feuilles. Récolter le plus rapidement possible.

Polythrinciose : maladie des taches de suie. Croûtes noires à la face inférieure de la feuille correspondant à un dessèchement brun-clair à la face supérieure. Aucun traitement curatif.

Stemphyliose : maladies des taches rondes. Taches brunes constituées par un ou deux anneaux autour d'un point central brun foncé. Elle peut apparaître en toute saison. Aucun traitement curatif.

Pour toutes ces maladies, il n'existe pas de traitement curatif. Pour lutter, il faut utiliser les techniques culturales suivantes :

• éviter le retour trop fréquent du trèfle violet dans la parcelle : attendre 5 à 6 ans,
• éliminer les mauvaises herbes,
• ne pas réaliser de semis d'automne,
• choisir des parcelles saines du point de vue hydrique,
• effectuer un bon labour avant le semis,
• utiliser des variétés résistantes ; la plupart des tétraploïdes présentent une meilleure résistance aux maladies,
• assurer une exploitation rationnelle.