L'introduction du trèfle violet dans un système fourrager peut présenter plusieurs difficultés.

D'abord, il est déconseillé de refaire du trèfle violet trop souvent sur la même parcelle. Pratiquement, il faut laisser au moins 5 ans entre 2 cultures. Si le trèfle violet est gardé 2 ou 3 ans, la rotation doit donc s'étendre sur 7 ou 8 ans. Par ailleurs, dans le cas d'un semis de printemps, la production durant l'année du semis est relativement faible, il est donc nécessaire, pour avoir une production régulière, de semer une part de la surface en trèfle tous les ans. Ces 2 contraintes obligent à avoir un nombre assez important de parcelles qui entreront dans la rotation.