Lutter systématiquement contre l'anthracnose, maladie la plus fréquente :
Le raisonnement de la protection fongicide est calé sur la lutte contre l'anthracnose qui est la maladie la plus fréquente sur pois, mais le choix du produit doit aussi tenir compte des risques éventuels de botrytis, rouille ou oïdium. Particulièrement grave chez les cultures de pois d'hiver, cette maladie n'en demeure pas moins redoutable chez les cultures de printemps. La lutte est préventive et les produits sont peu persistants. Cela conduit à réaliser 2 à 4 applications selon la région et le climat de l'année. Ainsi, en année sèche, la maladie est freinée et le nombre de traitements peut être réduit.

Pour le pois d'hiver : Pour limiter le développement de l'anthracnose au printemps, il faut commencer par semer à la bonne date, c'est-à-dire pas trop tôt. Le 1er traitement : à l'apparition des premiers symptômes au printemps. Surveiller à partir du stade 5-6 feuilles. En pratique, c'est souvent vers le 10-15 avril, exceptionnellement fin mars, début avril si les mois de février et mars sont très pluvieux, 2e traitement : à début floraison, 3e traitement : 10-15 jours après. Le 4e traitement éventuel : à réaliser en cas de floraison très longue, et présence d'un temps pluvieux.

Pour le pois de printemps : Le 1er traitement : à début floraison, 2e traitement : 10-15 jours après,
3e traitement : 10-15 jours après, sauf si le temps est sec et la floraison complètement terminée.
Le 4e traitement : 10-15 jours après, dans les régions très arrosées, avec une floraison très longue.

Remarque : l'irrigation, en prolongeant la floraison, justifie souvent un passage supplémentaire.

Botrytis :
En cas de climat humide et chaud durant la floraison : protéger les gousses avant que les pétales des fleurs ne se collent sur les gousses en présence d'humidité. La lutte est préventive, les produits n'ont pas d'action curative.

Rouille :
En Champagne crayeuse. Traiter à l'apparition des premières pustules. En pratique, c'est le plus souvent à partir de fin floraison.

Sclérotinia :
Dans les rotations avec oléagineux. Courant floraison, utiliser 500 g de carbendazime ou un produit performant contre botrytis.

Oïdium :
Dans le sud de la France, traitement à réaliser 15-20 jours après début floraison.