Les fleurs sont hermaphrodites (à la fois mâle et femelle). Elles sont regroupées en inflorescences de 15 à 30 fleurs. La luzerne est allogame, c'est-à-dire que la fécondation des ovules d'une fleur est surtout réalisée par du pollen venant d'une autre plante. Ce sont les insectes qui permettent la pollinisation en déclenchant, de façon mécanique, l'ouverture de la fleur pour permettre le contact entre le pollen qu'ils transportent et le pistil.