Le nombre de bourgeons et de tiges est réduit par le stress hydrique, de même que le poids des tiges, leur croissance et la longueur des entre-noeuds, la taille, la surface, le poids sec et le taux de croissance des feuilles.
Les conséquences apparaissent dans les deux premières semaines de repousse, au-delà le stress hydrique ne modifie pas le nombre de tiges par plante. La croissance des tiges est plus réduite par le manque d'eau que la croissance des feuilles, aussi le rapport feuilles sur tiges augmente-t-il avec l'importance du déficit en eau. La croissance des tiges est aussi réduite en conditions humides.

La salinité a les mêmes conséquences et de façon plus marquée sur la croissance des tiges que sur celles des feuilles.

La submersion de la luzerne provoque également une diminution du nombre de tiges par plante d'autant plus importante qu'elle intervient juste après la récolte. L'excès d'eau provoque le jaunissement des feuilles.

En sol séchant, la luzerne a un enracinement plus profond et plus développé qu'en sol frais. L'excès d'eau arrête immédiatement la croissance des racines. Une stagnation de l'eau détériore le système racinaire. Plus les températures sont élevées plus les dégâts causés par l'eau sont rapides et importants. 14 jours d'inondation à 16 °C compromettent la repousse contre seulement 6 jours à 32 °C. C'est en fait la température du sol qui est déterminante dans ce phénomène.