Compte tenu de la sensibilité de cette culture aux adventices et du peu de produits utilisables, le désherbage est souvent le principal souci des producteurs de lupin. Du fait de la quasi-absence de possibilités de traitements en postlevée, il est impératif de réaliser un traitement de postsemis prélevée. Les solutions chimiques sont rares.

Lorsque c'est possible, le binage est aussi une technique de désherbage. En revanche, le lupin supporte mal la herse étrille, sauf à un stade très jeune.