La résistance aux maladies est travaillée par les sélectionneurs depuis très longtemps. C'est en effet un axe de sélection majeur car une trop grande sensibilité à une maladie donnée peut avoir des conséquences catastrophiques l'année où la maladie est présente. La lutte génétique contre les maladies est souvent un travail de longue haleine et parfois un éternel recommencement ... Les maladies peuvent en effet, dans certains cas, contourner les résistances et des variétés connues pour être tolérantes à une maladie donnée deviennent sensibles. Le sélectionneur doit alors entreprendre un nouveau travail de sélection pour obtenir des résistances à la nouvelle souche de maladie.

Les maladies des céréales les plus préjudiciables sont d'origine fongique ou virale.

La lutte génétique contre les maladies fongiques

Les maladies du blé tendre

Les sélectionneurs ont développé des variétés présentant un bon niveau de tolérance au piétin-verse. Un gène de résistance a en effet été introduit à partir d'une espèce apparentée au blé, Aegilops ventricosa. Ce gène, nommé Pch1, limite la colonisation des gaines foliaires par le champignon et donne, souvent, une protection suffisante. La première variété portant le gène Pch1 a été inscrite au catalogue en 1976, deux autres ont été inscrites en 1986, et depuis 1994, une à quatre nouvelles variétés portant ce gène sont inscrites chaque année. Même si Pch1 n'explique pas toute la résistance, il existe une forte corrélation entre sa présence et la tolérance au parasite. Il existe d'autres systèmes de résistance génétique. Si, jusqu'à présent, on n'a jamais observé de variant du piétin-verse capable de surmonter la résistance apportée par Pch1, les sélectionneurs s'intéressent aux autres sources de résistance au piétin.

Un groupe de gènes liés, obtenu à partir d'Aegilops ventricosa, a été introduit en même temps que Pch1. Il s'agit du gène Yr17, conférant la résistance à la rouille jaune et de Lr37 responsable de la résistance à la rouille brune. La première variété portant ces gènes a été inscrite au catalogue en 1976. Et depuis 1995, la proportion de variétés portant ce profil génétique croît fortement. Au milieu des années 1990, des races de rouille jaune capables de contourner cette résistance sont apparues, mais seulement un petit nombre de variétés portant Yr17 sont devenues sensibles. Les autres cumulaient également d'autres gènes de résistance.

Bien que l'on n'ait pas constaté de concentration en mycotoxines inquiétante dans les denrées transformées, la recherche d'un haut niveau de sécurité alimentaire a amené les sélectionneurs à s'intéresser à la tolérance à la fusariose pour accroître la qualité sanitaire des productions.

En blé dur, les maladies travaillées par les sélectionneurs sont souvent les mêmes que pour le blé tendre. La sensibilité des blés durs à la fusariose est cependant plus importante et il n'existe pas, à ce jour, de variété très résistante à cette maladie. Des travaux destinés à trouver des sources de résistance sont actuellement en cours. Les risques de rouille brune sont également plus élevés car le blé dur est aujourd'hui largement cultivé en zone sud.

En triticale, les maladies préjudiciables sont à peu près les mêmes que pour le blé tendre. Si cette espèce n'est généralement pas sensible à l'oïdium, elle est souvent attaquée par l'agent fongique à l'origine de la rhynchosporiose du seigle et de l'orge (Rhynchosporium secalis). Il existe des variétés résistantes au piétin-verse et cet axe de sélection reste très étudié. L'une des stratégies consiste à apporter le gène Pch1 au génome du triticale.
La rouille brune et la rouille jaune affectent parfois le triticale et les sélectionneurs recherchent des sources de résistances durables.

En terme de septorioses, presque toutes les variétés montrent un bon niveau de tolérance à Septoria tritici, mais beaucoup de variétés sont sensibles à Septoria nodorum.

Les sélectionneurs sont parvenus à introduire des sources de résistance à la fusariose à partir du blé tendre.

L'espèce triticale bénéficie de nombreuses sources de résistance aux maladies que les sélectionneurs tentent de combiner au mieux dans de nouvelles variétés. Un GIE triticale regroupant les 5 sélectionneurs : Benoist, RAGT, Desprez, Lemaire Deffontaines et Serasem, collabore avec l'INRA sur la création de triticales primaires qui pourront apporter, entre autres caractéristiques nouvelles, des sources de résistance aux parasites. D'autres travaux pourront concerner dans l'avenir la lutte contre la mouche Geomyza qui peut engendrer de sévères dégâts, en particulier les années froides.

En orge, l'oïdium, la rouille naine, l'helminthosporiose et la rhynchosporiose sont des maladies fongiques préjudiciables même si les variétés récentes révèlent aujourd'hui de bons niveaux de tolérance à ces parasites. Les efforts de sélection se poursuivent afin d'arriver à cumuler les meilleurs niveaux de tolérance possibles tout en conservant un bon potentiel de rendement.

La lutte génétique contre les maladies virales

Une importante épidémie survenue en 1995 a motivé des travaux de sélection spécifiques et des sources de résistance ont été trouvées chez le chiendent et sont en cours de transfert dans le blé. Une variété d'orge résistante à cette maladie a été inscrite en 1998, c'est jusqu'à présent la seule variété tolérante du catalogue.

Les mosaïques
Les mosaïques sont occasionnées par des virus transmis par un champignon du sol Polymyxa graminis. Elles sont, en général, plus préjudiciables à l'orge qu'au blé.

Les mosaïques de l'orge sont : la mosaïque jaune de l'orge et la mosaïque modérée de l'orge. En plus du rendement, elles affectent la qualité brassicole. De gros efforts de sélection ont permis de multiplier les variétés résistantes : sur 11 variétés d'orge d'hiver inscrites en 2001, 10 étaient résistantes à la mosaïque jaune.

De 1990 à 2000, la proportion des variétés résistantes reste stable :

- 24 % des variétés inscrites sont résistantes à la mosaïque du blé
- 85 % des variétés inscrites sont résistantes à la mosaïque des stries en fuseau.

Des stratégies pour acquérir des résistances durables

La résistance aux maladies est souvent issue de gènes dominants donc assez faciles à introgresser dans une variété. L'inconvénient des sources de résistances mono-géniques, c'est la fréquente apparition de phénomènes de contournement de résistance. On parle en effet de "contournement" lorsqu'une nouvelle race de pathogène capable d'attaquer les plantes connues pour être résistantes apparaît. Ce problème est de plus en plus pris en compte par les sélectionneurs qui recherchent des stratégies limitant ces risques.

Un exemple marquant est celui de la résistance à la rouille jaune connue pour être issue du gène Yr17. Au milieu des années 90, des races de rouille jaune capables de contourner cette résistance apparaissent mais, seulement un petit nombre de variétés portant Yr17 est devenu sensible. Les variétés qui portaient ce gène seul ou associé à un (ou quelques) gène(s) de résistance facile(s) à contourner sont progressivement devenues sensibles. Par contre, les variétés chez lesquelles ce gène était associé à d'autres systèmes de résistance sont toujours résistantes. Une résistance multigénique est plus longue et difficile à obtenir, mais elle reste stable même si la virulence du parasite change. Dans ce contexte, un programme de recherche contre la rouille brune du blé tente de rassembler quatre gènes mineurs dans une variété et d'autres programmes visent à cumuler des gènes de résistance dans l'espoir d'obtenir des résistances durables.