La recherche de marqueurs moléculaires aide le sélectionneur à mieux connaître la génétique des caractères importants afin d'optimiser l'efficacité des programmes de sélection. Ces marqueurs sont en effet très précieux car ils permettent de tester rapidement les variétés et de retenir celles qui possèdent les caractéristiques recherchées. Dans certains cas, la présence de marqueurs fiables pour la résistance aux maladies, permet au sélectionneur de s'affranchir de certains tests d'infection.

La sélection assistée par marqueurs est en effet utilisée pour repérer les caractères agronomiquement intéressants comme le rendement ou la résistance aux maladies. Les marqueurs les plus utilisés sont les microsatellites (répétition de courtes séquences d'ADN mises en évidence par PCR).

En pratique, presque toutes les entreprises de sélection travaillent avec ces outils et développent en interne leurs propres cartes de marqueurs.

En blé dur, plusieurs équipes de recherche situées en Italie, en Israël et en Syrie (au sein de l'ICARDA : Centre International de Recherches Agronomiques pour les Régions Arides) ont abouti à une carte de marqueurs moléculaires. Par ailleurs, une équipe de l'INRA de Montpellier a construit une banque BAC en collaboration avec l'université américaine de Davis. C'est une collection de grands fragments d'ADN contenant l'intégralité du génome de l'espèce. Cette banque pourra constituer un précieux outil pour identifier les gènes agronomiquement importants.

Conscient de l'importance d'une meilleure connaissance du génome, le CTPS a décidé de mentionner la présence du marqueur moléculaire Pch1 pour les variétés étudiées dans le cadre de l'inscription au catalogue. C'est la première fois que la présence d'un gène est ainsi indiquée. Le marqueur Pch1 indique la résistance au piétin-verse chez le blé tendre. Ce marqueur sera donc mentionné et contribuera à identifier une variété. Mais pour le moment, la présence du marqueur n'élimine pas les phases d'essais aux champs qui confirment et mesurent le niveau de résistance à la maladie, car d'autres gènes peuvent également contribuer à la résistance.

En oïdium, certains gènes de résistance bénéficient eux aussi de marqueurs moléculaires. Il serait donc théoriquement possible de caractériser les variétés résistantes à ce parasite par la présence d'un ou de plusieurs marqueurs. Par contre, pour d'autres tolérances de nature polygénique, la caractérisation des variétés par la présence ou l'absence de marqueurs est délicate à envisager pour le moment.

L'utilisation des marqueurs moléculaires, aujourd'hui largement répandue, intervient dans divers programmes axés sur l'amélioration de la résistance aux maladies.

Il existe en effet beaucoup de croisements impossibles à réaliser, ce qui bride la sélection. L'identification de tels marqueurs de gènes de compatibilité permettrait de réaliser des croisements donnant une descendance et d'accéder à de nouveaux brassages génétiques.

La sélection assistée par marqueurs peut également aider à accumuler dans un même génome :

- des gènes de résistance complémentaires pour une même maladie, de façon à obtenir une résistance multigénique qui sera stable car plus difficile à contourner. Cet axe de sélection est commun à l'ensemble des espèces céréalières.

- des gènes de résistance pour différentes maladies de façon à obtenir des variétés ayant un bon profil de tolérance aux maladies les plus préjudiciables. Des progrès dans ces domaines ont déjà été obtenus en blé tendre et sont attendus en triticale et en orge.