Pour obtenir des lignées parentales, il faut pendant de nombreuses générations, forcer artificiellement les plantes issues d'un croisement de départ, à recevoir leur propre pollen, tout en évitant l'arrivée de pollens étrangers. Les fleurs femelles de chaque plante que l'on désire autoféconder sont ensachées.
L'autopollen est recueilli à partir de la panicule de la plante et déposé sur les soies des fleurs femelles de la plante.

A chaque génération, seules les plantes les plus intéressantes sont retenues. L'obtention de lignées s'accompagne d'un effet dépressif (effet d'inbreeding) résultant des croisements consanguins répétés.
Une lignée produit du pollen en quantité plus faible qu'un hybride. Une lignée demande une attention particulière car elle est plus fragile et plus délicate à cultiver qu'un hybride.

Chez les plantes allogames comme le maïs, il n'y a pas de forte corrélation entre la valeur des lignées et celle des hybrides qu'elles peuvent donner. Le sélectionneur recherche parmi les lignées parentales en cours de création, celles qui donnent les meilleurs hybrides lorsqu'elles sont croisées (test d'aptitude à la combinaison).
En complément le sélectionneur utilise pour améliorer les populations qui servent à fabriquer de nouvelles lignées, la sélection récurrente réciproque et pour corriger un défaut d'une lignée pure, tout en lui conservant ses caractéristiques essentielles, le croisement en retour ou back-cross.