Généralement, les anthères du maïs sont mûres de 2 à 4 jours avant que les styles (soies) ne deviennent réceptifs : le maïs est dit protandre.
Du fait de la monœcie et du décalage dans le temps de la maturité mâle et femelle, la fécondation croisée est favorisée. Le maïs est donc naturellement une espèce allogame. Il est auto fertile mais avec une forte dépression de consanguinité.
Le maïs maintenu en populations isolées (sans contrôle de la pollinisation) est formé d'individus hétérozygotes mais proches les uns des autres pour un certain nombre de caractères. Les caractéristiques globales de ces populations (ou "variétés de pays") se maintiennent assez bien au cours des générations successives.