La certification constitue l'étape finale du contrôle qualité des semences. Seules les semences certifiées sont autorisées à la commercialisation.

La certification est conduite sur la base du règlement technique. Ce règlement s'appuie sur des obligations minimales des directives européennes et les exigences techniques et administratives établies au sein de l'interprofession et approuvées par le Ministère de l'Agriculture.

La certification responsabilise les entreprises et les organismes professionnels dans les procédures de contrôle de la qualité.
Ceci conduit le SOC à agréer des agents d'entreprises semencières ou de l'Anamso (pour les contrôles en culture) pour les principales opérations : le contrôle des cultures, l'échantillonnage des lots, l'analyse des échantillons et l'étiquetage officiel des emballages.
Ces opérations sont validées en culture par sondages directs du SOC et en usine sur les lots de semences.

La réalité de ces contrôles est matérialisée par un certificat officiel apposé sur chaque emballage de semences.