Le colza contient des facteurs anti-nutritionnels :

• Glucosinolates (GLS)
Les produits de dégradation des glucosinolates sont responsables des problèmes d'inappétence, surtout chez les bovins, et de désordres physiologiques chez les animaux monogastriques. Les progrès obtenus grâce à l'amélioration des plantes par sélection, ont permis de disposer sur le marché de variétés de colza à faible teneur en glucosinolates.

• Sinapine
La sinapine est un composé phénolique dont le métabolisme chez certaines espèces de poules pondeuses produit une odeur de poisson dans les œufs.

• Acide phytique
L'acide phytique est notamment responsable de la faible disponibilité du phosphore en alimentation animale. Le phosphore phytique n'est pas disponible pour les animaux monogastriques car leur système enzymatique intestinal ne contient pas de phytase (enzyme responsable de la dégradation de l'acide phytique et de la libération du phosphore). La disponibilité du phosphore peut donc être améliorée par l'addition de phytases présentes à l'état naturel dans certaines matières premières végétales comme les céréales.