Lorsque, entre des espèces, il y a conservation des relations de proximité entre des marqueurs sur les chromosomes, on parle de synténie. Il existe donc des similitudes de séquences codant pour une même protéine et même une similitude de localisation chromosomique de ces gènes semblables entre espèces différentes.


Exemples

Une bonne conservation des groupes de liaisons et de l'ordre des marqueurs a été observée entre le riz, la canne à sucre, le sorgho, le maïs, et les céréales à paille comme le blé, l'orge, le seigle et l'avoine. La figure montre la conservation de quelques gènes sur les trois espèces riz, maïs et blé. Par exemple, le gène waxy, responsable de la synthèse d'amidon à chaîne linéaire, se trouve sur le chromosome
6 du riz, 9 du maïs, et 7 du blé. Il s'agit donc de régions homologues.
On constate également au sein du génome du maïs des homologies. Le chromosome 5 par exemple a une homologie avec le chromosome 1.

On a montré également que le génome de la tomate et de la pomme de terre sont colinéaires. Il n'y a aucune inversion de l'ordre des gènes de 9 des 12 chromosomes. Seule une inversion paracentrique des 3 derniers chromosomes est observée. Cette synténie se retrouve aussi avec le piment, toutefois les remaniements sont plus nombreux.


Décloisonnement

Cette constatation fait de la cartographie comparée un outil majeur pour décloisonner les programmes de recherche. Un travail réalisé sur une espèce peut ainsi trouver une application rapide et directe sur de nombreuses espèces.