Les premières cartes génétiques partielles du maïs furent publiées en 1935, et réalisées à l'aide de marqueurs morphologiques.

Les cartes génétiques permettent de représenter la disposition des gènes ou des marqueurs sur un chromosome.

La figure représente une carte génétique de la pomme de terre obtenue à partir de marqueurs RFLP. Les 141 marqueurs RLFP utilisés sont répartis sur les 12 chromosomes de la pomme de terre.


Principe d'établissement de cartes génétiques

On utilise les propriétés de la ségrégation des gènes. Le plus couramment, on utilise une descendance issue de deux parents homozygotes. On obtient en génération F2 une descendance en ségrégation, c'est-à-dire où l'on observe une séparation des caractères des deux parents et donc aussi une ségrégation au niveau des marqueurs. En effet, à la méiose, les chromosomes non homologues ségrègent indépendamment. Il en est de même pour les gènes portés par ces chromosomes. En revanche, des gènes portés par un même chromosome ne ségrègent pas indépendamment, et cela d'autant moins qu'ils sont plus proches. Ce sont ces propriétés que l'on met à profit pour estimer la position des marqueurs. Lorsque l'on constate que des marqueurs ne ségrègent pas indépendamment dans une descendance, on dit qu'ils sont liés.

Des tests statistiques simples permettent de décider si deux marqueurs sont indépendants ou non, ils forment alors un groupe de liaison.

Il est ensuite possible d'attribuer chaque groupe de liaison à un chromosome. Lorsque le nombre de marqueurs utilisés est suffisamment élevé, le nombre de groupes de liaison correspond au nombre de chromosomes. On dit que l'on a saturé le génome.