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Amplification de l'ADN par PCR
Amplification de l'ADN par PCR
L'amplification se déroule en 3 phases
Exemple d'utilisation de marqueurs moléculaires
Exemple d'utilisation de marqueurs moléculaires
Les marqueurs renseignent sur le génotype d'un individu

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Les marqueurs RAPD


Les marqueurs RAPD
Les marqueurs RAPD
Amorce de séquence arbitraire
Les marqueurs RAPD

ADN polymorphe amplifié au hasard

(Random Amplified Polymorphic DNA)
 
Cette technique consiste à réaliser une PCR en utilisant une amorce courte d'une dizaine de nucléotides, de séquence arbitraire. Cette amorce va s'hybrider au hasard dans le génome. Si deux sites d'hybridation sont proches et sur deux brins d'ADN, il y aura amplification, c'est le cas de l'individu A. En revanche, si ces deux sites sont trop éloignés, il ne peut y avoir amplification, cas de l'individu B. Ainsi, on observe la présence d'une bande sur le gel pour A et l'absence pour B de cette même bande.
 
Le polymorphisme révélé est un polymorphisme de sites d'hybridation d'amorce.
 
Les amorces constituent donc les marqueurs. Pour l'ensemble du génome, une dizaine de fragments sont en moyenne amplifiés puis séparés par électrophorèse.
 
 

Utilisation de la technique

Cette méthode ne nécessite pas de digestion par une enzyme de restriction, pas de transfert sur une membrane, pas de préparation de sonde radioactive. Elle est donc rapide et d'une faible technicité. Toutefois, sa reproductibilité est difficile à obtenir. En effet, l'amplification obtenue dépend beaucoup des conditions de réalisation de la PCR. Ainsi, les résultats sont difficilement reproductibles d'un laboratoire à un autre.
 
Elle est utilisée lors d'analyses préliminaires rapides, par exemple la mise en évidence de quelques marqueurs au voisinage d'un gène d'intérêt.