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Les marqueurs microsatelittes


Les marqueurs microsatellites
Les marqueurs microsatellites
Les marqueurs microsatellites

Polymorphisme de nombre d'unités de répétition

Sur le génome, il existe des séquences constituées d'unités répétées de 1 à 4 nucléotides. Ce sont les microsatellites. Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n et (GATA)n, les valeurs de n pouvant aller de quelques unités à plusieurs dizaines. On parle de séquences répétées en tandem ou SSR (Simple Sequence Repeats). L'intérêt de ces microsatellites réside dans leur polymorphisme. Celui-ci repose sur la variation du nombre d'unités de répétition, constituant le microsatellite.
 
 

Les étapes de la technique

C'est la technique de PCR qui est utilisée pour révéler le polymorphisme des microsatellites. Une paire d'amorces spécifiques des bordures droite et gauche d'un microsatellite est utilisée pour amplifier le même microsatellite chez différents individus. En effet, chaque microsatellite est bordé par des séquences uniques qui lui sont propres. Les fragments d'amplification sont ensuite révélés par électrophorèse.
 
Un individu B, possédant plus d'unités de répétition que A, a un produit d'amplification qui migre plus lentement que A.
 
 

Création de marqueurs

C'est la paire d'amorces spécifiques des bordures droite et gauche du microsatellite qui constitue le marqueur.
 
 

Utilisation de la technique

C'est une technique qui nécessite une préparation préalable assez lourde. Il faut en effet connaître, synthétiser et tester les amorces bordant le microsatellite. En revanche, elle est simple d'utilisation car reposant simplement sur une PCR. Elle permet de développer de nombreux marqueurs, notamment sur le maïs ou le colza. Toutefois, elle n'est pas applicable à toutes les espèces, la tomate par exemple ne possède pas de polymorphisme pour les microsatellites.