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What has a plant breeder to know about production ?
A breeder focuses on variety performance, a good breeder also considers production issues... Let's discover seed production with this lecture.

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Sélection du colza
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Les sélectionneurs augmentent les qualités nutritives de l'huile
La culture d'embryons immatures
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Elle permet d'éviter la phase de maturation de la graine

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Les marqueurs AFLP



Les marqueurs AFLP

Les marqueurs AFLP
Les marqueurs AFLP
Couple enzyme / amorce
Les marqueurs AFLP

Polymorphisme de longueur des fragments d'amplification

(Amplification Fragment Length Polymorphism)
 
Cette technique est fondée sur la mise en évidence conjointe de polymorphisme de site de restriction et de polymorphisme d'hybridation d'une amorce de séquence arbitraire.
 
Les étapes de la technique  

L'ADN de la plante est soumis à une digestion par des enzymes de restriction. Les tailles des fragments obtenus sont dépendantes des enzymes utilisées.
 
Ensuite, il y a addition aux extrémités des fragments de restriction d'adaptateurs nucléotidiques spécifiques des enzymes de restriction utilisées. Ils sont de séquences connues.
 
Les fragments sont ensuite amplifiés par PCR. On utilise comme amorce un oligonucléotide complémentaire de la séquence de l'adaptateur, prolongé de quelques nucléotides arbitraires (de 1 à 3) appelés bases débordantes. Seuls sont amplifiés les fragments possédant les bases complémentaires de ces bases arbitraires. Il s'agit donc d'amorces sélectives permettant de réduire le nombre de fragments amplifiés à une centaine : sans ces séquences débordantes, il y aurait amplification de milliers de fragments.
 
Les bandes sont visualisées par électrophorèse.
 
 

Création de marqueurs

C'est la combinaison enzyme de restriction/amorce qui permet de révéler le polymorphisme entre les individus. Celle-ci constitue le marqueur AFLP. Le locus mis en évidence dépend de la séquence du site de l'enzyme de restriction et des bases arbitraires. Il existe de très nombreuses combinaisons enzyme/amorce. En effet, on dispose d'une dizaine d'enzymes de restriction et il existe de très nombreuses amorces d'amplification par combinaisons de 3 bases débordantes.


L’analyse d’un profil AFLP

Analyse d'un profil AFLP
Analyse d'un profil AFLP
Visualisation des locus polymorphe lié à un gène de résistance par exemple
Analyse d'un profil AFLP

Caractéristique du polymorphisme

Sur les quatre pistes est mise en évidence la ségrégation pour la résistance du tournesol au mildiou. Sur la piste de gauche, c'est le parent résistant (R), sur la piste de droite le parent sensible (S).
 
Sur les deux pistes centrales figurent les individus F2 : la deuxième piste en partant de la gauche correspond à l'ADN en mélange des descendants F2 résistants et la troisième piste à l'ADN en mélange des descendants F2 sensibles.
 
Parmi la centaine de fragments d'amplification séparés par électrophorèse, on peut visualiser des locus polymorphes. Il est notamment possible de mettre en évidence des bandes présentes chez le parent sensible et absentes chez le résistant, et inversement. Cette distinction se retrouve également dans la descendance. Ces locus sont donc liés au gène de résistance par absence ou présence de bande.
 
Les autres locus soit ne révèlent pas de polymorphisme, soit révèlent des marqueurs polymorphes mais ne permettent pas de faire la distinction entre les individus sensibles et les individus résistants, ils ne sont donc pas liés à la résistance.
 
 

Utilisation de la technique

Elle est utilisée notamment pour la sélection de lignées, et pour la saturation d'une région du génome au voisinage d'un gène en vue de son clonage, c'est-à-dire pour positionner dans cette région un grand nombre de marqueurs.